La situation géographique de Bonne au cœur de la province du Faucigny, avec son promontoire qui deviendra Haute-Bonne et son carrefour de chemins menant à Saint-Jeoire, Annecy et Genève, a donné à son histoire un caractère à dominance militaire et commerciale. On n'a cessé au cours des siècles de se battre à Bonne, contre les Genevois, les Bernois et les Français, et de commercer avec ceux qui croisaient sur ses chemins.
Le site de Bonne a vraisemblablement été occupé par l’Homme dès la préhistoire mais les traces les plus anciennes datent de la période gallo-romaine : médailles de cuivre romaines datant des empereurs Vespasien et Domitien ainsi qu’une statuette de la déesse Minerve (patronne des artisans).
Sa configuration géographique étendue sur 858 hectares et son altitude variant de 496m à Loëx jusqu’à 1303m aux Voirons, confèrent à Bonne plusieurs atouts : commerces, agriculture, alpages, villégiatures, forêts...
Commune limitrophe avec Cranves-Sales, Lucinges, Fillinges, Nangy et Arthaz, elle est traversée par le torrent de la Menoge ce qui lui vaudra, pendant une période, l’appellation erronée de Bonne-sur-Menoge.
En 1886, la population atteint 900 habitants, puis régresse pour passer à 700 habitants à la veille de la guerre de 1914-1918. L'exode rural empêche tout renouveau dans le village jusqu'en 1968, qui compte 900 habitants.
Le village de Loëx a fusionné avec Bonne le 1er janvier 1973, lui apportant la qualité d'un plateau agricole abritant un village rural typique, regroupé autour de son château et d'une petite chapelle
Bonne était une place militaire importante de la province du Faucigny avec son château fortifié installé sur le promontoire de Haute-Bonne.
Le 13 mars 1246, Bonne entre officiellement dans l'histoire grâce à un document par lequel le chapitre de l'Eglise de Genève donne un albergement (location) à perpétuité, la terre de Charniaz, à Aymon, fils de Guillaume Mestral de Sallanches.
Au début du XIIIème siècle, Aymon, Sire de Faucigny, fait construire une "villeneuve" près de son château. Le noyau historique de Bonne divisé en Haute-Bonne, sur le promontoire, et Basse-Bonne, au pied des fortifications et le long de la Menoge, était une Châtellenie (ou mandement) importante du Faucigny.
Le Faucigny intégra les Etats de Savoie en 1355 après diverses tractations entre le roi de France Jean le Bon, et le comte de Savoie Amédée VI. Entre temps, celui-ci fut rattaché aux Dauphins du Viennois par successions filiales.
Haute-Bonne était avant tout une position militaire des Sires de Faucigny qui fut fortifiée au XIIIème siècle. Le Château occupait alors l’extrémité Est du promontoire formant une demi-lune aux murailles élevées (9 à 10m) qui seront ensuite constamment renforcées par les Comtes et Ducs de Savoie successifs. Au XVIIème siècle, les fortifications et le château furent démolies : Bonne ayant perdu de son importance sans qu’on en connaisse réellement les raisons.
Au pied de la citadelle se trouvait Basse Bonne, entourée aussi d’un mur d’enceinte percé de quatre portes d’accès : celle de la route de Saint-Jeoire, celle de la route de Genève, celle de la route d’Annecy et celle de Haute Bonne. Dès 1310, ce bourg actif devint un carrefour commercial grâce aux "franchises" accordées aux bourgeois et jurés de Bonne par Hugues Dauphin du Viennois et Sire de Faucigny. Cela entraîna l’essor commercial considérable de Bonne comme l’attestent les mesures à grains (joindre photos) conservées actuellement sur la place de l’église de Haute-Bonne.
On y construisit au XVème siècle un hospice pour recevoir les pauvres et les voyageurs malades.
La première église de Bonne datait du XIIème siècle, placée sous le vocable de Saint-Pierre et située hors les murs (Basse-Bonne), au hameau "des moulins" en direction de Viuz-en-Sallaz, et entourée de son cimetière. La maison du chapelain se trouvait juste à côté de l’église. En septembre 1282, c’est dans la maison du chapelain de Basse-Bonne que mourut Jean Dauphin du Viennois, fils de Béatrix de Faucigny, à la suite d’une chute de cheval. Sa dépouille reposera sur la pierre d’autel de l’église Saint-Pierre.
Avec le temps, l’édifice perdit de l’importance et dès 1411 servit uniquement pour les célébrations des enterrements, le culte dominical ayant alors lieu à Haute-Bonne.
Au XVIème cette église est ruinée (sans doute à la suite des guerres) et ne sera pas relevée ; ses pierres serviront à la population pour la construction des maisons mais le cimetière demeurera. Il subsistera également la pierre d’autel transportée dans la cour du presbytère de Haute-Bonne où elle restera jusqu’à un passé récent avant de… disparaître.
La construction de l’église primitive Saint-Nicolas située sur le promontoire de Haute-Bonne, est sans doute contemporaine à l’édification du château (XIIIème siècle). 1581, comme l’indique l’inscription sur le portail d’entrée, est la date d’une des restaurations de l’édifice qui est composite c'est-à-dire de plusieurs périodes allant de la fin du Moyen Age (culs de lampe sculptés) au début du XXème siècle (travaux sur la voûte, fenêtres…).
Malheureusement, Bonne était trop souvent sur la route des guerres médiévales et on relève dans ses archives des mouvements de troupes allant jusqu'à 500 hommes. Au fil de l'histoire des négociations, des trahisons, des pillages et des massacres, Haute-Bonne devint alternativement une prison pour les Genevois et les Savoyards. Les troupes de Genève s'y sont heurtées violemment et fréquemment face à la puissance de la Savoie.
En 1524, un Genevois, Amé Lévrier, Conseiller épiscopal, a même été décapité sur la place du château de Haute-Bonne pour une sombre histoire de pouvoir temporel revendiqué par les Vidomnes ou Intendants de Genève et les Ducs de Savoie. Cette exécution semble avoir été le point de départ des guerres qui tourneront souvent au désavantage des Savoyards.
En 1589, Bonne fut le cadre de rencontres sanglantes pendant la guerre de religion opposant catholiques savoyards et protestants genevois, se soldant par la prise du château de Bonne.
L’histoire retiendra de ce temps le célèbre épisode douloureux de l’Escalade (en décembre 1602) où des troupes parties de Bonne furent défaites à Genève par les bernois.
A l’automne 1590, les propriétaires genevois de vignobles à Bonne pensent pouvoir tranquillement vendanger leur raisin mais le Duc Charles-Emmanuel Ier de Savoie ne l’entend pas de cette oreille et sûr de lui, prépare une embuscade. Mais ce sera la curée pour les troupes savoyardes laissant ainsi aux genevois tout loisir de déguster leurs vendanges terribles…
Dans la nuit du 11 au 12 décembre 1602, aidé par de nombreux mercenaires espagnols, le Duc de Savoie Charles-Emmanuel tenta une ultime fois de s’emparer de Genève. Pour ce faire, un contingent de l’armée partit de Bonne à 18 heures. Cette opération s’acheva par un échec cuisant, les savoyards ont entre autres, reçu sur la tête la marmite de soupe bouillante de la Mère Royaume. Cet épisode reste connu sous le nom de "l'Escalade" et aurait pu devenir une guerre de religion sans les médiations du Pape Clément VIII et du Roi Henri IV.
La commune a vécu également les guerres de religion au XVIIème siècle entre catholiques et protestants.
La Savoie est gouvernée par Victor-Amédée II à partir de 1681 ; c'est un prince belliqueux qui prend part aux guerres contre la France. Il devient roi de Sicile en 1713 et de Sardaigne en 1718. Bonne devient donc sarde. En 1680, il a besoin d'argent pour son mariage avec l'infante d'Espagne et il vend une partie de son domaine du Genevois et du Faucigny au sénateur Charles Duclos-Fresnois, qu'il nomme Comte. Le mandement de Bonne est érigé en Comté. Victor-Amédée II impose le français comme langue officielle pour les édits, ordonnances et décrets royaux et il réunit la Cour des Comptes de Savoie avec celle de Turin. Les guerres successives auxquelles participe Victor-Amédée II n'aident pas Bonne à retrouver la prospérité ; la misère est à son comble pendant une nouvelle occupation des Français de 1703 à 1713. Une série d'hivers rigoureux n'arrange rien, pas plus que l'occupation des Espagnols de 1742 à 1749 qui pèse lourdement sur la région.
Sous la période révolutionnaire, un canton de Bonne fut créé avant que la commune devienne française comme toute la Savoie lors de l’Annexion de 1860.
En 1792, c'est la création du Canton de Bonne, mais en 1800, Genève entre dans la République Française et devient la capitale du département du Léman.
Le 8 janvier 1815, la Savoie retrouva son indépendance et le giron sarde. L'annexion définitive de la Savoie à la France en 1860 entraîna alors un redécoupage des cantons et Bonne fut rattachée à Annemasse.
L’histoire contemporaine voit Bonne comme une commune agricole avec un commerce dynamique qui a fait depuis des siècles sa réputation aux alentours.